2016年初，文科科研处接上海市教委通知，在已批准设立的上海市“高校智库”、“人文基地”“E研究院”等类别机构中推选2个基地，作为上海市认定的省部级研究基地。
经和符合申报条件的相关机构商议，上海高校智库亚太区域合作与治理研究中心和中国博物馆事业建设与管理研究中心参加申报，通过了1月12日上海市教委科技处组织的认证答辩会，上海市委宣传部副部长燕爽、上海市教育委员会副主任袁雯出席并讲话。
3月初，上海市哲学社会科学规划办公室下发《关于增补上海市社会科学创新研究基地的通知》（沪社办【2015】235号），确定增补“亚太区域合作与治理研究”、“博物馆建设与管理创新研究”为上海市社科创新研究基地，2016年度将对“博物馆建设与管理创新研究”给予10万经费支持；“亚太区域合作与治理研究”作为上海市高校智库已有经费投入，不再另投。
亚太区域合作与治理研究基地负责人为吴心伯教授，隶属国际问题研究院。基地以中美亚太互动的内涵、影响和策略为主要研究内容，尽可能地了解和分析亚太相关国家的对华与对美态度和政策，评估未来可能产生的影响，并对中国应采取的战略和策略进行建议。
博物馆建设与管理创新研究基地负责人为陆建松教授，隶属文物与博物馆学系。基地以博物馆建设管理、经营管理和人才队伍建设为主要研究内容，紧密结合中国博物馆事业发展的实践前沿，开展博物馆理论与实践研究，致力于将本基地打造成为中国最具影响力的中国博物馆学研究基地、中国博物馆事业发展的重要智库、中国博物馆建设工程咨询顾问机构、中国博物馆经营绩效评估机构和中国博物馆人才培养的重要基地。